本館共有四個樓層，展出的常設展主題分別為：「人與自然環境」、「生活與器具」、「衣飾與文化」、「信仰與祭儀」，展現原住民族生活環境的山海意象、傳統生計型態、顯形物質文化、生命秩序與信仰祭儀、族群概介與台灣原住民史發展。
此外，每年的春、秋季，博物館與特定人士或團體合作，推出特展，貼近當代原住民文化議題，提供多樣化的展示樣貌。每年的冬季，博物館更與單一原住民部落合作，推出以部落文化為主體的「與部落結合特展」，期望藉此讓族人的聲音在都會場域發聲，並掌握自身文化的詮釋權。
除了展示之外，博物館並備有參觀輔助設施，如語音導覽、影像圖書館等設備，幫助觀眾在參觀時更深入地了解文物的背景脈絡及其他延伸資料。
常設展 - B1「信仰與祭儀」
本館地下一樓主要介紹原住民族的泛靈信仰、祖靈崇拜與獵首習俗，以圖表、文字和歷史照片，輔助說明臺灣地區史前遺址的時空架構、原住民相關的史前文化概述、原住民族的文化變遷；並以物件、圖像、器物等儀式性文物，呈現各族多樣豐富的祭典內容。
常設展 - 1F「人與自然環境」
綜合介紹臺灣原住民概況及族群之分佈，展現原住民人文風貌。
本樓層為臺灣原住民族各族文化特徵的簡介，大廳右側運用各族群圖版及文字使參觀者瞭解臺灣原住民的傳統服飾、風俗習慣、及特有祭典等等。展場後側以排灣族石板雕刻代表「山」、達悟族漁舟代表「海」，藉著山與海的悠遠宏闊，呈現臺灣原住民族對環境的適應。觀眾並可透過展場中央的臺灣地圖模型與觸控按鈕，了解臺灣原住民族目前分佈區域、聚落範圍以及臺灣各重要都市與山川河流。
常設展 - 2F「生活與器具」
展示各族工藝用品及住屋模型，表現日常生活與社會之關係。
展出達悟族宗柱及住屋模型、鄒族男子集會所、原住民農耕用品、阿美族火塘、排灣族石板屋、陶器、樂器、編容器、雕刻與紋飾、狩獵與漁撈、飲酒文化等各種器物，為原住民因應自然的生活型態做了最佳的詮釋，也表現出日常生活器物與文化脈絡的關係。展場並有相關影片分別介紹排灣族現代製陶與豐濱阿美族的傳統製陶、北排灣大社村藝師製作佩刀及南排灣佳興村藝師雕刻、鄒族男子會所“Kuba”的修整、製酒過程以及達悟族的現代生活影像。
常設展 - 3F「衣飾與文化」
展示原住民紡織、服飾之美，呈現其社會文化意義。
臺灣原住民族的服裝配飾材料相當廣泛，所呈現的圖飾花樣也各具特色，展場呈現了多族的典型服飾、刺繡技術、紡織過程、裝飾物等，讓我們感受其獨特的生活方式與價值觀。現場並播放太魯閣族傳統的製麻紡織過程及原住民傳統歌舞祭典的動態影像。
