潮境智能海洋館分為A主展區、B互動體驗休憩區、C海洋中心、及D商店區。
A主展區
共包含潮境之賓、潮境之魚、潮下視界、潮中舞者、潮水彩繪五大展區。以科技及海洋生物相互的展示手法，結合潮境海灣探索生命的多樣性、生態的蘊育及生存的適應之道等，也邀請民眾在動手創作以及聲光展演中獲得療育與生生不息的創造力。
B互動體驗休憩區
潮間走廊區打造微生物保衛戰，含有海豹家族、N次元先鋒號及VR海洋保衛者三種互動體驗設施，不論是透過餵食小海豹與海豹媽媽，了解地球環境變化導致冰層融化，海豹媽媽捕食不易的辛苦，抑或拯救深海稀奇物種，清除海底各種廢棄物的出現，甚至填飽肚子的休憩餐飲店與滿足購物需求，在此都可以一併達成。 (海豹家族、N次元先鋒號及VR海洋保衛者三種互動體驗設施需另行付費)
C海洋中心
原有的海洋生物及珊瑚的復育基地，可以看到全台唯一合法養殖具有身分認證的龍王鯛，擁有全台最多的本土復育小丑魚，除了是北部的珊瑚復育場所，更是目前臺灣北部鱟的復育基地。
D商店區
遊客珍藏文創商品及邊用餐邊賞山海美景的最佳處所。
